Een jaar na het einde van de Spaanse burgeroorlog (1936-1939) besloot het militaire bewind van generaal Franco, dat de rechtmatige republikeinse regering had afgezet, tot de bouw van een monument ter ere van de slachtoffers van deze oorlog. De bedoeling was daarmee alle gevallenen te eren.
Toen daarvoor een plek was uitgekozen in het territorium van de gemeente San Lorenzo de El Escorial, op zo'n 40 kliometer ten noorden van de hoofdstad, in de rotsen een gigantische kerkruimte uitgehouwen, in totaal 260 meter lang en 22 meter breed. Daartoe werd zo'n 200.000 ton graniet uitgehakt of met dynamiet opgeblazen. In 1941 werden deze werkzaamheden onder leiding van de architecten Pedro Muguruza (1893-1952) en Diego Méndez (1906-1897) begonnen. In 1959 werden ze voltooid.
De kerk kreeg een toegang via een zuilengalerij, wat tegelijk het enige deel is dat buiten de rotsen werd gebouwd. Daarboven werd een piëta geplaatst van de hand van de beeldhouwer Juan de Ávalos y Tabord (1911-2006), die uitgekozen was voor de ornamentatie. Een bronzen deur, met daarop de apostelen en de mysterieën van de rozenkrans afgebeeld, moest toegang geven tot de tempel. In het timpaan werd de wederkomst van Christus afgebeeld.
Het schip van de kerk werd bereikbaar gemaakt via enkele voorhallen. In een eerste hal kwam een inscriptie, waarop nog steeds te lezen is dat Franco het monument op 1 april 1959 officiëel opende en dat paus Johannes XXIII het op 7 april 1960 heilig verklaarde. De toegang tot de volgende hal werd via een ijzeren hekwerk aangelegd met afbeeldingen van engelen en heiligen zijn. Centraal kwam een beeld van 'Santiago Matamoros', Sint Jakob de Morendoder.
Tegenover het hoofdaltaar staat de tombe van José Antonio Primo de Rivera, de oprichter van de Falange, de Spaanse fascistische partij, die op 20 november 1936 wegens samenzwering tegen de Spaanse republiek werd geëxecuteerd. Bijna veertien jaar later werd zijn stoffelijk overschot hiernaartoe overgebracht. Achter het altaar bevindt zich de tombe van Franco zelf, die -curieus genoeg- op dezelfde dag, maar dan 39 jaar later overleed. Ter hoogte van het altaar is een transept met zijkapellen.
Kruis
Boven de kerkruimte -op een rots- werd een 150 meter hoog kruis opgericht. Het steekt ook ongeveer 150 meter boven de kerk uit. Dit kruis is van kilometers afstand in de bergen te zien. Aan de voet van het kruis bevinden zich de vier evangelisten, elk 11 meter hoog. Erboven zijn de vier kardinale deugden afgebeeld: voorzichtigheid, rechtvaardigheid, dapperheid en matigheid.
Aan de andere zijde van de rots staat een benedictijnenabdij, waarvan de kloosterlingen de eredienst in de kerk verzorgen.
Er werden in de vallei in totaal zo'n 46.000 mensen begraven -ook republikeinen, waarvan aangetoond kon worden dat ze katholiek waren. Die werden echter wel enigszins weggemoffeld achter onopvallende deurtjes in de zijkapellen.
In tegenstelling tot in andere landen met een dicatoriaal verleden, zoals Nazi-Duitsland en Argentinië, zijn de misdaden van het regime in Spanje nooit echt duidelijk uitgesproken. De overgang naar de democratie eind jaren '70 zelfs werd gedaan door politici, die zelf een Franco-verleden hadden. Met de zg. 'Ley de la Memoria Histórica' uit 2006 wilde de toenmalige sociaaldemocratische regering toch op de één of andere manier met dit verleden afrekenen door anonieme massagraven begraven te inventariseren en personen, die betrekking hebben tot de dicatuur, uit het straatbeeld verwijderen. De regering van de rechtse Partido Popular, die volgde, heeft dat echter weer voor een groot deel ongedaan willen maken. Deze conservatieve christelijke partij werd in 1976 opgericht door een ex-Franco-minister, Manuel Fraga (1922-2012).
Er zijn bronnen, die erop duiden dat er zo'n 20.000 republikeinse dwangarbeiders moeten geweest zijn geweest, die aan dit project hebben deelgenomen. Andere bronnen geven zelfs een cijfer weer van 27.000 republikeinse doden ten gevolge van de bouw. Bovendien heeft het Franco-regime anonieme massagraven en persoonlijke graven laten leeghalen om het mausoleum mee te vullen.
